运气学说在病理方面的运用
主要有四个方面，其一是圆运动生物钟所影响的月经周期节律或生殖节律，其二是五运六气失常所脏腑失和及妇科疾病，其三是特殊情况的推测，其四是司天在泉的推测。
(一)圆运动生物钟节律失常所致月经失常或生殖方面的病变
正如《素问·四气调神论》所说：“逆春气则少阳不生，肝气内变；逆夏气则太阳不长，心气内洞；逆秋气则太阴不收，肺气焦满；逆冬气则少阴不藏，肾气独沉。”说明四季气候不正常，将直接对阴阳消长不利，直接影响阴长与阳长，从而引致月经周期中的阴阳消长，导致月经与生殖方面的病证。这种气候失常，在《素问·六节藏象论》中说得更为清楚，如说：“未至而至，此谓太过，则薄所不胜，而乘所胜也，命曰气淫。至而不至，此谓不及，则所胜妄行，而所胜受病，所不胜薄之也，命曰气迫。”说明时节未至，而气候先至，这是气运太过，太过则为有余，凭我太过有余之气，彼虽是我所不胜，而是克我的，我亦能以盛气凌之，薄即欺凌之意。如立夏季节，气候渐热，但如气温过热，暑温来临，未至而至，故谓气淫，此有余也，原本是水克火，水是胜我的，但由于暑热过甚，君相火旺，反过来克水，即反侮，必然影响体内的变化，阳盛阴虚，月经必然出现先期量多等病变。但如果立夏季节，气候当渐热而反转凉者，至而不至，气运不及，命曰气迫，阴水用事，火气不旺，呈不足之象，火不暖土，影响脾胃，脾胃薄弱，以致阴阳气血不足，可致月经后期、量少等病变。今亦有相当妇女，因天热而日夜避人空调室内，久居其内，形成人为的至而未至，同样火不用事，阴水克火，反侮其土，故致脾胃病，又称空调综合征。这亦将直接影响其体内的阴阳消长运动及气血营卫的昼夜运行。
(二)从五运六气推导气候的变化与疾病的流行
对每年的气候变化和疾病流行的一般情况，根据五运六气来推导，则为：木为初运，初运的时间从每年的大寒节开始至春分节前，相当于每年的春季，由于木在天为风，在人为肝，因此，每年春季，在气候变化上便以风气变化较大为特点，在人体中便以肝气变化较大、肝病较多为其特点；火为二运，二运的时间每年的清明节开始至芒种节前，相当于每年的夏季，由于火在天为热，在人为心，因此，每年夏季，在气候变化上便以逐渐转热为特点，在人体也以心气转旺、心病较多为其特点；土为三运，三运的时间从每年的夏至节开始至处暑节前，相当于每年的夏秋之间，在气候变化上便以雨水较多、湿气较重为特点，在人体中也以脾气较旺、肠胃病较多为其特点；金为四运，四运的时间是从每年的白露节至立冬节前，相当于每年的秋季，由于金在天为燥，在人为肺，因此，每年的秋季，在气候变化上便以较为干燥为特点，在人体中也以肺气较旺、呼吸道疾病较多为其特点；水为五运，五运的时候是从每年的立冬开始至大寒节前，相当于每年的冬季，由于水在天为寒，在人为肾，因此，每年的冬季，在气候变化上也以比较寒冷为特点，在人体上也以肾气较旺、骨节方面疾病较多、容易感冒为其特点。
从六气来说，基本上与五运相似，春为厥阴肝木多风，多为风病、肝木类病；夏为少阴心火多热，多为热病、心火类病；长夏为太阴脾土多湿，多为湿病、肠胃病；秋为太阴肺金多燥，多为燥病、肺病等；冬为少阴肾水多寒，多为寒病、肾病、骨节类病。
所有上述五运六气的常规气候致病者，均为一般性，亦即是共性的病变。
(三)各年气候变化和疾病特殊情况的推测
在常规的气候变化之外，有时也有特殊的气候变化，所谓“天有不测风云”。如夏热冬寒之外，亦可能出现夏寒冬热，或者是夏过热冬过寒的反常情况。由于每年五运属性不同，气候有异，故所致病证亦会有所不同，对这些亦可通过有关的推测(如甲己化土，乙庚化金，丙辛化水，丁壬化木，戊癸化火)而预为知之。大运是土运的年，气候特点以湿为主，疾病方面则以脾胃病、带下病为多，春夏秋冬四季都可以在其常规变化的前提下，表现出湿的变化或者脾的病证；大运是金运的年，气候变化以燥为特点，疾病方面则以肺病、燥证为多，春夏秋冬四季都可以在其常规变化的前提下，表现出燥证、肺病，余可类推。其次，还要根据各年大运的太过不及，所出现的胜复变化来推算。岁运太过之年，岁气来得都比较早，在气候变化和病上除了考虑该岁运本身的影响外，还要根据五行生克关系来考虑它之所胜；岁运不及之年，岁气来得都比较迟，在气候变化和疾病上除了考虑该岁运本身的影响外，还要考虑其所不胜。以戊子年为例：戊子年在值年大运上是属于大运太过之年，因此，在戊子年在气候变化上便以火为特点，在疾病上便以心病为多；太过之年除了考虑火气偏盛之外，还要考虑它之所胜，即火可胜金，因此戊子年除了在气候上考虑火气偏旺的特点外，还要考虑到燥的特点，在疾病上还要考虑到肺病也可能多发。再以辛丑年为例：辛丑年值年大运是属于水运不及之年，因此辛丑年在气候变化上便以寒为特点，在疾病上便以肾、骨节病为多见；不及之年，还要考虑它之所不胜，水不胜土，因此辛丑年除了在气候上考虑寒的特点以外，还要考虑湿的特殊变化，在疾病上还要考虑到脾胃病也较为多发。所以在太过或不及的情况下，必须考虑到胜复，有了胜复，才能纠正太过或不及的不良变化。所谓胜复，两者是相关的，有胜才有复，是指在偏胜过度，或不及明显的情况下，自然界或人体内都会相应产生的一种复气，以制止这种过度偏胜和过度不及。例如庚子年为金运太过，金可制木，火可克金，因此木气被克过甚的情况下，火气便可以成为复气，来制止这种过盛的金气，但或由于复气的程度，因制止的程度亦有差异性，所以在庚子年里，我们不但要在气候上考虑燥的特点，还要考虑热和风的特点，热和风就具有了特殊性。在疾病上除考虑燥证、肺病外，还要考虑到火热、风病，以及心、肝等病证，及女性出血性病证等。又如辛丑年为水运不及之年，水不胜土，但木能克土，因此木气便可以成为复气，而制胜土气，所以辛丑年，我们不但要在气候上考虑到寒的特点，还要考虑到湿与风的特殊性，在疾病上不仅要考虑到肾、骨节病证，还要考虑到脾胃病、湿浊病以及肝病、风病等。
(四)从值年司天在泉之气来推测各年气候与发病的特殊关系
推测各年气候与发病的特殊关系，我们还必须结合动用值年司天在泉的客气来作分析，因为各年气候和疾病方面的变化与各年值年司天在泉之气密切相关。一般来说，司天之气，主管上半年，在泉之气主管下半年。仍以庚子年为例：庚子年的年支为子，于午少阴君火，所以庚子年是火气司天，少阴为二阴，二阴司天，就必须是二阳在泉，所以庚子年便是阳明燥金在泉，由于庚子年是君火司天，燥金在泉，所以庚子年这一年上半年便是火气主事，下半年便是燥气用事；在气候上说，上半年就要比平常热一点，下半年便要比平常燥一点；在疾病上来说，上半年便以热病、心病较多，因而也易导致女性血热性出血病证，下半年便以燥病、肺病较多，因而也易致女性气阴两虚的月经病证。需要说明的是，司天在泉之气虽然各主半年，但从总的情况来说，司天之气又可影响在泉之气和四间气而主管全年，从而亦因气候偏热而带来有关的热性病证，余可类推。

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